เรื่องราวของประเทศญี่ปุ่นที่ต้องเผชิญกับปัญหาใหญ่หลังจากไคจูยักษ์ที่เคยสร้างความหวาดกลัวได้ตายลงอย่างกะทันหัน เมื่อซากของไคจูที่ตายไปแล้วเริ่มเน่าเปื่อยและบวมขึ้น ทำให้เกิดความกังวลว่าจะเกิดการระเบิดที่อาจทำลายล้างประเทศได้ รัฐบาลและหน่วยงานต่างๆ ต้องร่วมมือกันเพื่อหาวิธีจัดการกับซากไคจูนี้ก่อนที่จะสายเกินไป