เรื่องราวของ “สเนคอายส์” นักรบลึกลับผู้ถูกปกคลุมไปด้วยอดีตอันแสนเจ็บปวด ได้รับโอกาสใหม่เมื่อเขาได้รับการช่วยเหลือจากกลุ่มนินจาโบราณที่เรียกว่า “อาราชิกาเกะ” ซึ่งเป็นกลุ่มที่มีประวัติอันยาวนานในการพิทักษ์ความสงบของโลกจากภัยคุกคามต่างๆ โดยกลุ่มนี้ได้เปิดรับสเนคอายส์เข้าสู่โลกของพวกเขา เพื่อทดสอบความจงรักภักดีและทักษะที่เขามี

ตลอดการฝึกฝนและภารกิจต่างๆ สเนคอายส์ต้องเผชิญกับบททดสอบที่ไม่เพียงแต่จะวัดฝีมือ แต่ยังรวมถึงความไว้วางใจและจิตวิญญาณของเขาเอง เขาต้องเลือกว่าจะจงรักภักดีกับเพื่อนพ้องใหม่ หรือจะเดินตามเส้นทางล้างแค้นส่วนตัวที่เต็มไปด้วยความแค้นและความเจ็บปวด การตัดสินใจของเขาจะเป็นตัวกำหนดว่าเขาจะกลายเป็นฮีโร่หรือศัตรูในอนาคต