เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ “นารูโตะ อุซึมากิ” ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ร้ายที่โจมตีหมู่บ้านโคโนฮะ และถูกไล่ออกอย่างไม่เป็นธรรม เขาต้องหลบหนีจากการไล่ล่าโดยเพื่อนร่วมทีมและผู้ที่เคยไว้วางใจ ในขณะที่เขากำลังหาทางพิสูจน์ความบริสุทธิ์ ก็ได้พบกับ “เรียวซึสึ” หญิงสาวจากประเทศเล็ก ๆ ที่มีพลังลึกลับ และกำลังถูกตามล่าเพราะสายเลือดต้องห้ามของเธอ

ทั้งสองต้องร่วมมือกันเพื่อเอาชีวิตรอดจากศัตรูที่ไม่เพียงแต่แข็งแกร่ง แต่ยังมีเบื้องหลังที่เกี่ยวข้องกับสงครามและการล้างแค้นข้ามรุ่น ในระหว่างการเดินทาง นารูโตะได้เรียนรู้ถึงความหมายของความเชื่อใจ ความเสียสละ และคำว่าพันธมิตรที่แท้จริง ผ่านบททดสอบที่ทั้งอันตรายและสะเทือนใจ