หลังจากครอบครัวของฮานโซ่ ฮาซาชิ ถูกสังหารโดยกลุ่ม Lin Kuei ฮาซาชิก็ถูกเนรเทศสู่ Netherrealm และกลายเป็น “Scorpion” นักรบผีผู้กระหายการล้างแค้น ในขณะเดียวกัน เหล่าผู้พิทักษ์ Earthrealm นำโดยลอร์ดไรเดน ได้รวบรวม Liu Kang, Sonya Blade และ Johnny Cage เพื่อเข้าร่วมการแข่งขัน Mortal Kombat กับศัตรูจาก Outworld ภายใต้การนำของพ่อมดชั่วร้าย Shang Tsung เพื่อรักษาความสมดุลระหว่างโลก

ขณะการแข่งขันดำเนินไป การปะทะกันระหว่างผู้เข้าแข่งขันเริ่มเดือดขึ้น โดย Scorpion ใช้โอกาสนี้เพื่อล้างแค้น Sub-Zero ที่เขาเชื่อว่าเป็นต้นเหตุแห่งโศกนาฏกรรมของเขา ด้าน Liu Kang เริ่มตระหนักถึงชะตากรรมของตัวเองในฐานะนักรบผู้กอบกู้ Earthrealm ขณะที่ Johnny Cage ค่อยๆ เติบโตจากนักแสดงที่ไม่เอาไหนสู่ฮีโร่ตัวจริง