หลังจากเกิดเหตุการณ์โลกเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ที่ทำให้แผ่นดินเริ่มแยกออกจากกัน “แมนนี่” ช้างแมมมอธจอมเข้ม, “ซิด” สลอธสุดเปิ่น และ “ดีเอโก้” เสือเขี้ยวดาบสุดเท่ ต้องเผชิญภัยธรรมชาติและอุบัติเหตุทางธรณีวิทยาที่ไม่คาดคิด ทำให้พวกเขาถูกพัดพาออกไปจากครอบครัวและบ้านของตน โดยล่องลอยอยู่กลางมหาสมุทรอย่างไร้ทิศทาง พร้อมเผชิญหน้ากับเหล่ากลุ่มโจรสลัดสัตว์ยุคโบราณที่นำโดยลิงบาบูนตัวร้าย “กัปตันกัตต์”

ระหว่างการเดินทางผจญภัยสุดโกลาหลเพื่อหาทางกลับบ้าน แมนนี่และเพื่อนๆ ต้องรวมพลังกันต่อสู้กับโจรสลัดและฝ่าฟันพายุทะเล รวมถึงสิ่งมีชีวิตประหลาดที่โผล่มาจากใต้ทะเลลึก พร้อมกันนั้นแมนนี่ยังต้องปรับความเข้าใจกับลูกสาววัยรุ่น “พีช” ที่กำลังต่อต้านเขา เรื่องราวกลายเป็นการเรียนรู้ความสำคัญของครอบครัว มิตรภาพ และความรักที่เชื่อมโยงทุกสิ่งไว้ด้วยกัน