ในยุคอนาคตอันใกล้ อาวุธชีวภาพสุดอันตรายที่ถูกพัฒนาโดยบริษัท M.A.R.S. ตกอยู่ในมือขององค์กรก่อการร้ายลับชื่อว่า “คอบร้า” กองกำลังพิเศษนานาชาติ “G.I. Joe” จึงถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อต่อกรกับภัยคุกคามครั้งนี้ นำโดย “ดยุค” และ “ริปคอร์ด” พร้อมทีมมือพระกาฬอย่าง “สเนคอายส์” และ “สการ์เล็ตต์” พวกเขาต้องทำทุกวิถีทางเพื่อหยุดยั้งแผนการร้ายที่อาจล้างโลกได้ในพริบตา

G.I. Joe ต้องเผชิญกับอุปสรรคมากมาย ทั้งการปะทะกับศัตรูที่มีเทคโนโลยีล้ำสมัย รวมถึงการต่อสู้กับอดีตของตัวเอง โดยเฉพาะดยุคที่ต้องเผชิญหน้ากับความลับที่เชื่อมโยงกับตัวการสำคัญขององค์กรคอบร้า เรื่องราวเข้มข้นยิ่งขึ้นเมื่อสเนคอายส์ต้องประจันหน้ากับคู่แค้นอย่างสตอร์มชาโดว์ การต่อสู้ระหว่างสองสายลับนักฆ่าผู้ไร้เสียงจึงเป็นอีกหนึ่งฉากเดือดที่ตราตรึง