สองทศวรรษหลังจากที่โลกเอาชนะการรุกรานของเอเลี่ยนในปี 1996 มนุษยชาติก็ยังไม่หยุดพัฒนาเทคโนโลยีจากซากของศัตรูเพื่อเตรียมพร้อมรับมือภัยคุกคามอีกครั้ง อย่างไรก็ตาม ความสงบสุขกลับถูกทำลายลงเมื่อยานเอเลี่ยนลำใหม่ขนาดยักษ์ที่ทรงพลังกว่าเดิมมุ่งหน้าสู่โลก พร้อมเจตนาทำลายล้างอย่างสิ้นเชิง เหล่าทหาร นักวิทยาศาสตร์ และผู้นำโลกจึงต้องรวมพลังกันอีกครั้งเพื่อหยุดยั้งการทำลายล้างและปกป้องมนุษยชาติ

การกลับมาครั้งนี้นำโดยกลุ่มตัวละครหน้าใหม่ผสมกับตัวละครจากภาคก่อนหน้า เช่น เดวิด เลวินสัน ผู้เชี่ยวชาญด้านสัญญาณที่กลับมารับบทสำคัญอีกครั้ง ร่วมด้วยเจค มอร์ริสัน นักบินฝีมือดี และดิลัน ลูกชายของวีรบุรุษจากเหตุการณ์เมื่อ 20 ปีก่อน ทั้งหมดต้องร่วมมือกันรับมือกับเทคโนโลยีอันล้ำหน้าของเอเลี่ยนที่พร้อมจะบดขยี้โลกให้ราบคาบ