หลังจากหน่วย G.I. Joe ถูกโจมตีอย่างไม่คาดคิดและถูกตราหน้าว่าเป็นภัยต่อความมั่นคงของโลก สมาชิกที่เหลือต้องหลบหนีและหาทางพิสูจน์ความจริง เมื่อองค์กร Cobra แฝงตัวเข้ายึดครองอำนาจของรัฐบาลโลก “Roadblock” และทีมที่รอดชีวิตจึงต้องกลับมารวมตัวกันอีกครั้งเพื่อโต้กลับแผนร้าย และหยุดยั้ง “Zartan” ที่ปลอมตัวเป็นประธานาธิบดี พร้อมวางแผนใช้อาวุธนิวเคลียร์เพื่อครอบครองโลก

ในขณะที่เหล่า G.I. Joe ต่อสู้เพื่อความยุติธรรม พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูเก่าอย่าง “Storm Shadow” และ “Firefly” ที่กลับมาอีกครั้ง และยังต้องได้รับความช่วยเหลือจากตำนานนักรบ “General Joe Colton” ผู้ก่อตั้งทีม G.I. Joe ที่เข้ามาร่วมภารกิจครั้งสุดท้ายเพื่อล้มแผนร้ายของ Cobra