ในภาคนี้ของชินจังจอมแก่น เขาได้ค้นพบว่าตนเองอาจไม่ใช่ลูกแท้ ๆ ของครอบครัวโนฮาระ เมื่อจู่ ๆ ก็มีหญิงสาวลึกลับจากหมู่บ้านนินจาโผล่มาอ้างว่าเป็นแม่ที่แท้จริงของเขา และพยายามพาชินจังกลับไปยังหมู่บ้านลับที่เต็มไปด้วยศาสตร์ลึกลับและการฝึกฝนนินจา ตั้งแต่นั้นมา ชินจังต้องเผชิญกับความวุ่นวายครั้งใหม่ เมื่อเขาต้องเลือกว่าจะกลับไปเป็นนินจาตามโชคชะตาหรือใช้ชีวิตแบบเด็กธรรมดาอย่างที่เคยเป็น

ในหมู่บ้านนินจานั้น ชินจังต้องเรียนรู้ศาสตร์ลับโบราณ พร้อม ๆ กับเปิดเผยความจริงที่ซ่อนอยู่เกี่ยวกับพลังลึกลับที่ถูกถ่ายทอดมาจากรุ่นสู่รุ่น แต่ด้วยนิสัยสุดป่วนและความติงต๊องประจำตัวของเขา ทำให้การฝึกวิชากลายเป็นเรื่องฮาแบบวายป่วง ชินจังยังต้องเผชิญหน้ากับองค์กรลึกลับที่หมายจะครอบครองพลังนินจาเพื่อครองโลก และเขาอาจเป็นกุญแจสำคัญในการรักษาสมดุลนั้น