“วัยหนุ่ม 2544” ถ่ายทอดเรื่องราวความรักอันบริสุทธิ์ของ “บอย” นักเรียน ม.ปลาย ที่ใช้ชีวิตในยุคต้นปี 2000 ท่ามกลางเสียงเพลงจากวิทยุคลื่นฮิตและบรรยากาศโรงเรียนที่เต็มไปด้วยความทรงจำ เมื่อเขาได้พบกับ “พลอย” หญิงสาวนักเรียนใหม่ที่ย้ายมาเรียนในเทอมสุดท้าย ชีวิตธรรมดาของบอยก็เปลี่ยนไปอย่างไม่คาดฝัน ความรู้สึกแปลกใหม่ค่อยๆ ก่อตัวขึ้นระหว่างทั้งสอง ในช่วงเวลาที่โลกยังไม่มีสมาร์ทโฟนและโซเชียลมีเดียมีเพียงแค่ Hi5 กับโทรศัพท์ฝาพับ

ความสัมพันธ์ของพวกเขาเติบโตผ่านบทเพลง การเขียนจดหมาย และการพบหน้ากันในโรงเรียน ช่วงเวลาสั้นๆ ที่ทั้งคู่ได้อยู่ด้วยกัน กลายเป็นความทรงจำที่ติดแน่นในใจไม่รู้ลืม แต่เส้นทางของความรักก็ไม่ง่ายดาย เมื่อทั้งสองต้องเผชิญกับการเปลี่ยนแปลงในชีวิต และแรงกดดันจากครอบครัวและสังคมในวัยเรียน ที่ทำให้ต้องเลือกว่าจะรักษาความรักไว้ หรือปล่อยให้มันเป็นเพียงความหลัง