หลังเกิดเหตุการณ์ลึกลับที่โรงงานนิวเคลียร์ในญี่ปุ่น โจ โบรดี้ สูญเสียภรรยาไปอย่างไม่คาดคิด ทำให้เขาต้องเฝ้าติดตามความผิดปกติของแผ่นดินไหวและการรั่วไหลของรังสีมานานหลายปี จนกระทั่งลูกชายของเขา ฟอร์ด โบรดี้ นายทหารหน่วยเก็บกู้ระเบิดของกองทัพเรือสหรัฐฯ ได้เดินทางกลับไปญี่ปุ่นเพื่อพาโจออกจากปัญหา ทว่าพวกเขากลับต้องพบกับสิ่งมีชีวิตขนาดยักษ์ที่ตื่นขึ้นจากการหลับใหล — นั่นคือ M.U.T.O. สิ่งมีชีวิตโบราณที่ใช้พลังนิวเคลียร์เป็นแหล่งพลังงาน และกำลังจะทำลายล้างโลก

ในขณะที่มนุษยชาติกำลังพยายามหาทางจัดการกับวิกฤตินี้ ก็อตซิลล่า สัตว์ประหลาดในตำนานได้ปรากฏตัวขึ้นอย่างน่าประหลาดใจ จุดประสงค์ของมันไม่ใช่การทำลายมนุษย์ แต่เป็นการรักษาสมดุลของธรรมชาติด้วยการต่อสู้กับ M.U.T.O. ความขัดแย้งระหว่างสิ่งมีชีวิตขนาดมหึมาทั้งสามตัวทำให้โลกทั้งใบตกอยู่ในความโกลาหล และผู้คนต้องต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดในเงามืดของพลังที่มนุษย์ไม่อาจควบคุมได้