หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก Ultraman Season 2 กลับมาพร้อมกับเรื่องราวการต่อสู้ครั้งใหม่ของเหล่าอุลตร้าแมนที่ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามจากเอเลี่ยนสายพันธุ์ลึกลับที่บุกมายังโลก พร้อมกับเบื้องหลังแผนการร้ายที่ซ่อนอยู่ในเงามืด ชินจิโร่ ฮายาตะ ต้องเผชิญกับบททดสอบทั้งร่างกายและจิตใจ ในขณะที่เพื่อนร่วมทีมอุลตร้าแมนคนอื่น ๆ ก็ต้องเผชิญกับภารกิจที่ยากลำบากในการปกป้องมนุษยชาติ

ตลอดเรื่องราวใน Ultraman Season 2 ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครถูกถ่ายทอดอย่างเข้มข้น ทั้งมิตรภาพ ความเชื่อใจ และความขัดแย้งระหว่างมนุษย์กับเอเลี่ยนที่ซับซ้อนขึ้นกว่าเดิม โดยมีฉากแอ็คชั่นสุดมันส์ที่ผสมผสานเทคนิคภาพอนิเมชั่นสมัยใหม่กับกลิ่นอายคลาสสิกของซีรีส์ Ultraman ดั้งเดิมได้อย่างลงตัว